自2018年1月1日起全国高速公路通行费增值税电子普通发票统一开具平台正式上线后，交通运输部一直实行的是增值税发票纸质票据和电子发票双轨运行政策。但高速通行费增值税纸质发票（下称通行费纸质发票）从2018年6月30日起停止使用，不能再用于抵扣。用户如需抵扣税款，需开具高速通行费增值税电子普通发票。
一、如何区分可抵扣和不可抵扣的ETC电子发票？
1、征税ETC发票可以抵扣
取得的通行费电子发票，左上角标识“通行费”字样，并且“税率”栏显示适用税率或征收率的通行费电子发票，属于征税发票，可以按照“税额”栏注明的税额申报。
纳税人在两种情况下能够取得可以抵扣的征税发票：
（1）纳税人到ETC客户服务网点办理ETC卡或用户卡时，办理的是属于ETC后付费客户（或用户卡客户的，则实际通过经营性收费公路通行的部分，在发票服务平台可以取得征税发票。
（2）办理的是ETC预付费客户（即俗称充值卡），在充值时没有索取不征税发票，在实际发生通过经营性收费公路通行的部分，在发票服务平台可以取得征税发票。
因此，建议纳税人在办理ETC卡时，最好办成后付费客户，如果办成预付费客户，必须是等到实际发生通行后再索取征税发票，才能够抵扣。
对于征税发票，经营性收费的高速公路和一级、二级公路均使用同类电子发票，只是税率（征收率）不同，依然按照原有公式计算。
2、不征税ETC发票不得抵扣
取得的通行费电子发票，左上角没有“通行费”字样，“税率”栏显示“不征税”、“税额”不显示金额的通行费电子发票，属于不征税发票，不得申报抵扣，也是无税额可扣。
两种情况只能取得不征税发票：
（1）通过政府还贷性收费公路（高速公路和一级、二级公路）通行的部分，只能取得不征税发票，不得抵扣。这是统一的，与办理什么性质的客户没有关系。
（2）纳税人办理成ETC预付费客户的，在预付充值时就索取发票的，则按照预付卡的税收管理规定，只能取得全额开具的不征税发票，之后均不再取得发票，即不得抵扣进项税。
3、区分“可抵扣”与“不可抵扣”的ETC电子发票，其中一点就是看车辆经过的是还贷性收费公路还是经营性收费公路。 还贷性公路指县级以上地方人民政府交通主管部门利用贷款或者向企业、个人有偿集资建设的公路。经营性公路则是指国内外经济组织投资建设或者按照公路法的规定受让政府还贷公路收费权的公路。
二、ETC电子发票抵扣、申报流程
1、勾选进项
自发票开具之日起360日内登录增值税选择确认平台，查询、选择用于抵扣的通行费电子发票。
2、申报表填写
增值税一般纳税人申报抵扣的通行费电子发票进项税额，在纳税申报时应当填写在《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）中“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中。
三、ETC电子发票报销问题
大家知道ETC发票可以通过票根网进行开具，开具后可以通过指定邮箱接收PDF格式的发票文件。每辆车子所开具的发票1个月多达5–7批，每批有5–6张发票，像物流运输企业，每个月多台车子开具的发票多达数千张。
1、勾选进项：
自发票开具之日起360日内登录增值税选择确认平台，查询、选择用于抵扣的通行费电子发票。
2、申报表填写
增值税一般纳税人申报抵扣的通行费电子发票进项税额，在纳税申报时应当填写在《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）中“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中。
三、ETC电子发票报销问题
大家知道ETC发票可以通过票根网进行开具，开具后可以通过指定邮箱接收PDF格式的发票文件。每辆车子所开具的发票1个月多达5–7批，每批有5–6张发票，像物流运输企业，每个月多台车子开具的发票多达数千张。
1、不征税的ETC发票报销问题
下载的ETC发票文件是个多层压缩的压缩包，发票文件是按照销方税号加一串流水号组成的，想从这些发票文件中找找全不征税的发票，是非常困难的，大家可以尝试。
由于国税发票查询平台上只有可以抵扣的通行费发票数据及明细，不征税发票需要打印出来才能到财务报销入账，而且报销时还得填制汇总表格，这个工作量对于物流企业的会计们是个非常头疼的问题。
2、征税的ETC发票报销问题
根据财政部最新发布的电子档案管理办法，电子发票无需打印也能入帐报销，但问题是，税务稽查时可是要求被核查方提供原始凭证的；而且如何对发票进行电子档案管理，也是大难题；所以目前绝大数企业遇到电子发票还是打印出来进行报销的。
四、ETC电子发票如何汇总及批量打印呢？
对于汇总，如果ETC电子发票量不大，可以人工进行汇总，电子发票打印同理；但是像上面提到的物流运输企业，每个月数千张的ETC电子发票，人工汇总和人工打印，这要汇总和打印到猴年马月啊？一张张点开PDF格式的电子发票？将电子发票票面信息摘抄到Excel表中？再点击打印？如果想一张A4纸张打印2张发票，还要再手工合并。。。不说实际操作了，光看小编文字描述，相信你已经很觉得很繁琐了，那怎么办呢？在这里小编给大家推荐一款专门用于通行费电子发票专用的批量处理工具–飞鱼ETC电子发票助手
五、飞鱼ETC电子发票助手下载
进入下载页面后选择“ETC电子发票助手”
